Международное сотрудничество:

• с университетом г.Уппсала (Швеция) – в совместных работах по проекту WASA;
• с Институтом физических проблем (Беларусь, Минск) и с Институтом физики плазмы (Франция, Париж) – по проблемам плазмы с КДФ в рамках совместного гранта INTAS-RFBR N 1335;
• с корпорацией Sumsung - разработка компонентов электронных устройств на основе оксидных технологий;
• с Латвийским университетом (г.Рига) – по проблемам лазерной спектроскопии;
• с Международной академией информатизации по проблемам открытых систем;
• с Международным обществом инженеров по оптике (SPIE) – участие в конференциях, образовательных программах.

Межотраслевое сотрудничество:

• с КНЦ РАН – по развитию базы подготовки кадров и наукоемких технологий в рамках центра коллективного пользования;
• с Институтом геологии КНЦ РАН - по созданию распределенной системы мониторинга окружающей среды;
• с НИЦ ТИВ РАН – по разработке методов и аппаратуры для диагностики плазмы с КДФ и упорядоченными структурами;
• с ИС РАН – по проблемам фундаментальной и лазерной спектроскопии;
• с Научным советом по автоматизации при Президиуме РАН – по проблемам развития и применения открытых систем;
• с АО "Кондопога" – по проблемно-ориентированным информационно-измерительным системам;
• с С-Петербургским госуниверситетом (кафедра оптики, кафедра общей физики) – по проблемам фундаментальной оптики, лазерной физики, физической электроники. Совместная работа в Советах РАН, подготовка совместных проектов, ведение совместных проектов, работа по повышению квалификации и защите диссертаций;
• с С-Петербургским государственным электротехническим университетом (каф.АСОИУ и каф. вычислительной техники) – обмен учебными планами, стажировки преподавателей, совместная разработка лабораторной и методической базы АСОИУ, консультации, чтение лекций;
• с Московским техническим университетом (им.Баумана) – совместная методическая работа по АСОИУ, консультации;
• с Московским физико-техническим институтом – совместная работа по Программе "Физмат" (кластерные ионы в НТП), консультации;
• с Самарским государственным авиационно-космическим университетом – совместная работа по Программе "Информатизация России".

Межфакультетское сотрудничество:

• с ЛИФом – по разработке тематики возможных совместных проектов;
• с биологическим факультетом и медицинским факультетом – по подготовке проекта аналитического центра коллективного пользования.

Межкафедральное сотрудничество:

• с КФТТ – работа по лазерной модификации ОПМ;
• с КЭИП – работа по информационным технологиям и проблемам физической электроники, совместное участие в Программе "Приграничная Карелия";
• с КЭЗ (экологии и зоологии) – совместная разработка проблем экологического мониторинга природных объектов (по "Приграничной Карелии");
• с КНХ (неорганической химии) – работы по определению содержания тяжелых металлов;
• с кафедрой психотерапии – работа по методикам предотвращения и профилактике сезонных депрессий с помощью фототерапии.